Obligados por las orientaciones políticas imperantes no será posible convocar Juntas Generales de todos los colegiados y no podrán tomarse acuerdos por mayoría. Ante todo ello los miembros de la Junta presentan su renuncia en pleno de todos sus cargos, pero el Consejo General no acepta la dimisión y ordena a todos sigan en sus puestos con el mismo entusiasmo de siempre.
Mediado el periodo de 1940 a 1980 se hace muy presente la búsqueda de otros horizontes profesionales en los que el farmacéutico sea algo mas que mero dispensador de medicamentos.
A medida que la labor de los farmacéuticos se diversifica, ésta situación se va reflejando en la composición de la Junta de Gobierno, apareciendo las vocalías que se ocuparán de determinadas áreas, así en 1950 Inspectores Farmacéuticos Municipales, Analistas e Industria, 1952 Distribución, 1965 Optica y Acústica, 1971 la de Dermofarmacia y Cosmética, 1975 Ortopedia y Hospitales, 1982 Alimentación, 1985 Oficina de Farmacia, 1998 Docencia e Investigación, 2002 Titulares de Oficina de Farmacia, Adjuntos, Sustitutos y Regentes, Atención Primaria, Otras Actividades y Sin Ejercicio.
En los años cuarenta se promulgan la Ley del Seguro Obligatorio de Enfermedad y la Ley de Bases de la Sanidad Nacional, que tendrán mucha importancia en la profesión farmacéutica. Así se establece un modelo de receta del Seguro y se fijan las normas de inspección sobre los servicios sanitarios, apareciendo la figura de los Inspectores Farmacéuticos.
La prestación de la asistencia farmacéutica al seguro, se regulará mediante Conciertos firmados por el Consejo General de Colegios Farmacéuticos y el Instituto Nacional de Previsión, por el que los farmacéuticos se obligaban a dispensar todas las recetas del Seguro, tanto las fórmulas magistrales, especialidades farmacéuticas del Petitorio y efectos y accesorios autorizados por el Seguro. Los Conciertos desarrollaban también la forma en que se hace la dispensación, precios, descuentos y liquidación de facturas. La tramitación de recetas y facturas, incluida la tasación de fórmulas magistrales se encomendaba a los Colegios. El primer Concierto se firmó en 1953.
Para poder encargarse de la facturación de recetas el Colegio, tuvo que ir aumentando su plantilla y los medios (sumadora, máquinas de escribir...) así como contratar los servicios de un asesor jurídico.
Desde la aparición en el mercado de los antibióticos su falta es una constante, se hacen todo tipo de esfuerzos para aprovisionarse, recurriendo a la importación desde diversos países, en 1950 el cupo de penicilina que corresponde al Colegio, lo distribuye en exclusiva UFG.
La sede el Colegio se traslada en 1949 de la calle Isabel la Católica (ahora Reyes Católicos) donde ocupaba en alquiler una estancia de UFG, al nº 15 de la calle San Ignacio de Loyola, ocupando el local en propiedad.
En 1950, el Colegio adopta como Patrona del Cuerpo de Farmacia a Santa Gema Galgari, que se celebra el 14 de Mayo, siendo dicho día festivo para las farmacias de Gipuzkoa. Mas tarde, la festividad de la profesión sufrirá variaciones, así en 1972 se pasa a San Cosme y San Damián, 26 de Septiembre, celebrándose el sábado o el domingo más próximo y en 1977 pasa a la Inmaculada Concepción, 8 de diciembre.
En las terribles riadas que sufrió la provincia en 1953, falleció el colegiado Don José María Ibieta y varias farmacias se vieron afectadas, por lo que se abrió una suscripción para paliar los daños, solicitando su colaboración a todos los farmacéuticos de la provincia y a los Laboratorios. Por la ayuda recibida del Laboratorio Industrias Farmacéuticas Puerto Galiano, fue nombrado Colegiado de Honor, Don Rafael Puerto Galiano.
Ese mismo año se aprobó el Reglamento del Laboratorio del Colegio, donde se realizaron diversos cursos de análisis, contando con la ayuda destacada de Don Félix Mocoroa.
En 1955 se inicia la edición del Boletín Farmacéutico Guipuzcoano, orientado al ejercicio profesional y abierto a la colaboración de los colegiados y en 1956 se celebra en San Sebastián la II Reunión de la Sociedad Española de Bromatología, cuya organización contó con la colaboración del Colegio.
En 1957 se reunieron en el Colegio una treintena de farmacéuticos, acordando constituir en San Sebastián la Cooperativa Farmacéutica Guipuzcoana GUIFARCO, para "defender, servir y apoyar la Farmacia Guipuzcoana", que se haría realidad un año mas tarde, el 18 de Mayo de 1958, con el apoyo de 32 farmacéuticos de toda la provincia.
Se celebra en Burdeos el Congreso Nacional de Farmacéuticos Franceses, al que fue invitado el Colegio, llegándose a la conclusión, que las problemáticas de los farmacéuticos de ambos países, eran muy similares y que convendría celebrar un Congreso Farmacéutico Latino, invitando a los compañeros de los países limítrofes.
El Pleno del Consejo General aprueba el Reglamento del Colegio, que vino a sustituir al Reglamento de 1918. El Colegio contaba con siete empleados, 162 colegiados y 119 farmacias.
En 1958 se acordó nombrar un Inspector con facultades delegadas de la Junta para investigar las actividades de los colegiados en orden al cumplimiento de sus obligaciones, levantando las oportunas actas que someterá a la Junta.
Se aprueba en 1962 el Reglamento del Socorro de Fallecimiento, que como ayuda a los herederos de los compañeros que fallezcan, funcionará hasta 1987.
A comienzos de los años 60 se empezó a plantear la creación de un servicio de oxigenoterapia, comenzando su actividad en 1966, contando con la colaboración de Guifarco y UFG para la distribución de las balas de oxígeno. El servicio cumplió con su labor sanitaria hasta 1977, en una época en la que no existía otro dispositivo para atender esta necesidad.
En 1965 la sede del Colegio se traslada de la calle Loyola a la calle Prim, 2.
El Colegio contaba con 135 colegiados y 101 farmacias en 1942, 156 colegiados y 109 farmacias en 1950, 173 colegiados y 138 farmacias en 1960, 230 colegiados y 181 farmacias en 1970, 357 colegiados y 246 farmacias en 1980.
Las décadas de los sesenta y setenta, son las de mayor incremento en el número de farmacias.
Durante estos años se aprueba la Ley de la Seguridad Social, la gestión de los Conciertos de Prestación Farmacéutica que se derivan de la misma, ocupará buena parte del trabajo del Colegio durante estos años 60 y 70. La principal preocupación fueron los márgenes profesionales escalonados R-64 y R-77, que dieron lugar a Asambleas, encierros, amenazas de huelga, etc. Aunque en menor medida otra preocupación importante fue la mecanización de las recetas, con la informatización del proceso y la explotación de los datos recogidos, el gasto de la prestación farmacéutica es perfectamente conocido y servirá para adoptar políticas farmacéuticas. Estas adaptaciones a los tiempos no se realizaron fácilmente, pasaron por dificultades y supusieron una reestructuración drástica del personal del Colegio.
El impulso y la actividad de los farmacéuticos analistas clínicos gipuzkoanos, contando en todo momento con el apoyo del Colegio, contribuyo decisivamente a la creación de la Asociación Nacional de Farmacéuticos Analistas Clínicos en 1974.
Coincidiendo con el 75 Aniversario del Colegio se convocó el Premio "La otra Farmacopea", siendo su ganador Don José María Aguirre Alcalde con el trabajo "Esparza de Salazar".
Un paquete de Decretos aprobados en plena transición política y que afectan a la profesión en lo referente a la regulación de oficinas de farmacia, dispensación en las Instituciones Sanitarias de la Seguridad Social y aportación de los usuarios, vuelven a crear una gran incertidumbre en los farmacéuticos colegiados. También estos años son de debates entre los farmacéuticos sobre la trascendencia que sobre el sector puede tener la Autonomía y la necesidad de abrir una interlocución con los responsables políticos de la misma, en especial con los del área sanitaria, no pueden los farmacéuticos obviar que el Estatuto de Autonomía del País Vasco, otorga a la C.A.V. la competencia exclusiva en materia de ordenación farmacéutica.